Quando gli abitanti di una città remota cominciano a comportarsi in maniera insolita, non è subito chiaro quale sia il fattore scatenante: la caduta di un meteorite, l’apparizione di un misterioso Pokémon conosciuto col nome di Lunatone, oppure entrambe le cose? Impazienti di risolvere il mistero e di riportare la città all’ordine, Ash e amici si mettono alla ricerca sia del meteorite che del Lunatone. Nel frattempo, anche le ricerche del Team Rocket e di uno strano gruppo di teorici bramosi di rivendicare la scoperta di tutti i misteri Pokémon conducono tutti quanti allo stesso luogo.