7 ans après la terrible chute d'une météorite à Shibuya en 1999, une forme de vie extraterrestre, les Worms, ayant la capacité d'imiter les humains, se sont déjà fondus dans la masse, représentant ainsi une menace considérable pour les habitants de la Terre. Dans la riposte, l'organisation d'intervention secrète ZECT, a développé le Masked Rider System permettant à son utilisateur d'effectuer des combats à vitesse supersonique, à l'instar des Worms. Cependant, qu'importe les réelles intentions de ZECT, la version du Masked Rider System appelée Kabuto choisit Soji Tendo comme utilisateur. Arpentant ainsi le chemin des cieux, Soji se bat en tant que Kamen Rider Kabuto.