Wanneer de Teenage Mutant Ninja Turtles Mutastones verwerven van Crys-Mu, de geest van het licht, verwerven ze het vermogen om zichzelf gedurende drie minuten te verbeteren tot Super Turtles. Ondertussen stuiten de kwaadaardige Shredder en zijn handlangers Bebop en Rocksteady op de Dark Mutastone, die hen verandert in respectievelijk Devil Shredder, Supermutant Bebop en Supermutant Rocksteady. Maar de Turtles hebben nog een trucje in petto: ze kunnen alle vier gecombineerd worden tot hun ultieme vorm: Turtle Saint.