De Caldea-organisatie stuurt Ritsuka Fujimaru, Mash en Da Vinci om te onderzoeken wat vermoedelijk de heilige stad Jeruzalem is. Daar ontdekken ze dat deze stad is vervangen door Camelot, geleid door Arturia Pendragon en haar Ridders van de Ronde Tafel. De stad opent haar deuren voor zeldzame uitverkorenen die door de ridders zijn aangewezen, maar achter de muren verbergt zich een vreselijke waarheid. Onderweg ontmoeten ze Bedivere die zijn koning probeert te vinden, de tegengestelde factie van de farao's onder leiding van Ozymandias en Nitocris en verzetsstrijders onder leiding van Arash en de Hassans, die een einde proberen te maken aan het juk van Camelot.