A harmadik évad csak 13 epizódból áll, és szintén az előző évad fináléjától folytatódik, ahol szinte mindegyik főszereplő Panamában kötött ki, köztük jó néhányan börtönben. Michael ezúttal a Cégtől kap egy megbízatást, miszerint meg kell szöktetnie egy James Whistler nevű rabot a Sonából, egy panamai börtönből, vagy megölik Sarah-t és LJ-t. Linc pedig kívülről segíti Michaelt. Az évad során több új főszereplőt is megismerhetünk, akik egykor jó, máskor viszont rossz oldalra állnak. Az évad eredetileg ugyancsak 22 epizódból állt volna, de az Amerikai Írók Céhe (WGA) sztrájkja miatt rövidítették le 13-ra.