Après avoir été obligée de bannir sa grand mère de Duomo, Kuniko découvre que Takehiko, l'un de ses plus fidèles compagnons, était en réalité un membre de la société Atlas missionné pour la surveiller. Désillusionnée, Kuniko décide de s'engager de plus belle dans son combat contre Atlas. Mais les plantes Daedalus gagnent du terrain, à tel point qu'il sera bientôt impossible pour les êtres humains de vivre sur Terre...