Debido a que Ryu se queda dormido durante una misión, no puede combinarse con la God Phoenix, y un barco es destruido por una bestia de hierro. Asumiendo la responsabilidad, Ryu abandona el equipo científico ninja, devuelve su brazalete Birdstyle, y regresa a su pueblo natal, un pueblo de pescadores. Sin embargo, ocurre un incidente en el pueblo donde los peces son contaminados por un misterioso veneno. El equipo ninja y el doctor Nambu van a la aldea para investigar, pero Ryu, queriendo resolver el caso por su cuenta, se libera de las ataduras de Ken y se dirige al fondo del océano.